Koloniale tijd: Portugezen, Nederlanders, Britten
In 1511 veroverde de Portugees Afonso de Albuquerque Malakka — het einde van het sultanaat en het begin van 450 jaar Europese inmenging. De Portugezen bouwden het fort A Famosa (waarvan de ruïnes nog steeds in Malakka staan) en controleerden de specerijenhandel, maar konden de stad nooit tot oude bloei brengen.
In 1641 namen de Nederlanders Malakka over (samen met lokale bondgenoten) en bouwden de stad opnieuw op — de rode gebouwen op het Dutch Square in Malakka (Stadthuys, Christ Church) stammen uit deze tijd. De Nederlanders waren vooral geïnteresseerd in het specerijenmonopolie en verwaarloosden Malakka ten gunste van Batavia (Jakarta).
In 1786 stichtte de Britse Oost-Indische Compagnie een handelspost op Penang — Kapitein Francis Light kreeg het eiland van de Sultan van Kedah in ruil voor militaire bescherming (die de Britten nooit boden). In 1824 namen de Britten ook Malakka over, en in 1826 verenigden ze Penang, Malakka en Singapore tot de Straits Settlements.
In de 19e eeuw breidden de Britten hun invloed uit over het hele schiereiland — officieel als „adviseurs" van de Maleisische sultans, feitelijk als koloniale heersers. Ze brachten twee groepen mee die Maleisië voor altijd zouden veranderen: Chinese arbeiders voor de tinmijnen en Indiase arbeiders voor de rubberplantages. Deze etnische driedeling — Maleiers, Chinezen, Indiërs — vormt Maleisië tot op heden.
