Kolonialzeit: Portugiesen, Niederländer, Briten

1511 eroberte der Portugiese Afonso de Albuquerque Malakka — das Ende des Sultanats und der Beginn von 450 Jahren europäischer Einmischung. Die Portugiesen bauten die Festung A Famosa (deren Ruinen noch heute in Malakka stehen) und kontrollierten den Gewürzhandel, konnten die Stadt aber nie zu alter Blüte führen.

1641 übernahmen die Niederländer Malakka (zusammen mit lokalen Verbündeten) und bauten die Stadt um — die roten Gebäude am Dutch Square in Malakka (Stadthuys, Christ Church) stammen aus dieser Zeit. Die Niederländer waren vor allem am Gewürzmonopol interessiert und vernachlässigten Malakka zugunsten von Batavia (Jakarta).

1786 gründete die Britische Ostindien-Kompanie eine Handelsstation auf Penang — Captain Francis Light erhielt die Insel vom Sultan von Kedah im Austausch gegen militärischen Schutz (den die Briten nie leisteten). 1824 übernahmen die Briten auch Malakka, und 1826 vereinigten sie Penang, Malakka und Singapur zu den Straits Settlements.

Im 19. Jahrhundert weiteten die Briten ihren Einfluss auf die gesamte Halbinsel aus — offiziell als „Berater" der malaiischen Sultane, faktisch als Kolonialherren. Sie brachten zwei Gruppen mit, die Malaysia für immer verändern sollten: chinesische Arbeiter für die Zinnminen und indische Arbeiter für die Kautschukplantagen. Diese ethnische Dreiteilung — Malaien, Chinesen, Inder — prägt Malaysia bis heute.