Koloniale tijd & Santo Domingo (1496–1795)

In 1496 stichtte Columbus' broer Bartolomé de stad Santo Domingo aan de zuidoever van de Río Ozama — de nederzetting die zou blijven bestaan. Santo Domingo werd de hoofdstad van de gehele Nieuwe Wereld: Hier ontstonden de eerste kathedraal, de eerste universiteit, het eerste ziekenhuis, de eerste straat en het eerste klooster van Amerika. Van hieruit begonnen de veroveringstochten naar Cuba, Mexico, Peru en daarbuiten.

Voor de Taíno was de komst van de Europeanen een ramp. Door dwangarbeid (Encomienda-systeem), meegebrachte ziekten (pokken, mazelen, griep) en brute geweldpleging werd de Taíno-bevolking binnen 50 jaar bijna uitgeroeid. Van de geschatte 400.000–1.000.000 Taíno bij Columbus' aankomst bleven midden 16e eeuw nog maar enkele honderden over. De Dominicaanse monnik Bartolomé de las Casas documenteerde de wreedheden en werd de eerste mensenrechtenactivist in de geschiedenis.

Om de ontbrekende arbeidskrachten te vervangen, begonnen de Spanjaarden vanaf 1503 met de import van Afrikaanse slaven — het begin van de trans-Atlantische slavenhandel, die de demografie van het Caribisch gebied voor altijd zou veranderen. De suikerrietplantages in het oosten van het eiland werden de economische motor, gerund door duizenden tot slaaf gemaakte Afrikanen.

Vanaf de 17e eeuw verloor het Spaanse deel van Hispaniola aan belang: Het goud was uitgeput, de aandacht van Spanje richtte zich op Mexico en Peru. Franse piraten en kolonisten bezetten het westelijke deel van het eiland, dat in 1697 als Saint-Domingue officieel aan Frankrijk werd afgestaan — het latere Haïti. Het Franse deel werd de rijkste kolonie ter wereld, terwijl het Spaanse oosten in de vergetelheid raakte.